Grupa za aplikacije i usluge na eksaskalarnoj istraživačkoj infrastrukturi
Grupa za aplikacije i usluge na eksaskalarnoj istraživačkoj infrastrukturi (engl. Group for Applications and Services on Exascale Research Infrastructure, kraće GASERI) je istraživačka, razvojna i nastavna jedinica na Fakultet informatike i digitalnih tehnologija Sveučilišta u Rijeci.
Glavni interes grupe je primjena eksaskalarnog računarstva za rješavanje problema u računalnoj biokemiji. Cilj je dizajnirati algoritme boljih performansi i ponuditi njihove implementacije za akademsku i industrijsku upotrebu.
Odabrani radovi
- Svedružić, Ž. M, Vrbnjak, K., Martinović, M. & Miletić, V. Structural Analysis of the Simultaneous Activation and Inhibition of γ-Secretase Activity in the Development of Drugs for Alzheimer’s Disease. Pharmaceutics 13(4), 514 (2021). doi:10.3390/pharmaceutics13040514
- Herrera-Rodríguez, A., Miletić, V., Aponte-Santamaría, C. & Gräter, F. Molecular dynamics simulations of molecules in uniform flow. Biophys. J. 116(6), 621–632 (2019). doi:10.1016/j.bpj.2018.12.025
- Franz, F., Aponte-Santamaría, C., Daday, C., Miletić, V. & Gräter, F. Stability of Biological Membranes upon Mechanical Indentation. J. Phys. Chem. B 122(28), 7073–7079 (2018). doi:10.1021/acs.jpcb.8b01861
Nudimo
- Virtualni visokoprotočni probir malih molekula (engl. High-throughput virtual screening of small molecules, HTVS),
- Simulacija molekulske dinamike (engl. Molecular dynamics simulation, MD),
- Implementacija značajki unutar GROMACS-a (engl. GROMACS development),
- Razvoj algoritama simulacije molekulske dinamike (engl. Development of algorithms for molecular dynamics simulation),
- Automatizacija tijeka rada analize molekula (engl. Molecular analysis workflow automation).
Tražimo
- Atomističke simulacije biomolekularnih sustava korištenjem metoda kvantne kemije (engl. Atomistic simulations of biomolecular systems using quantum chemistry methods),
- In vitro testiranje aktivnosti malih molekula (engl. In vitro testing of small molecule activity).